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Le Cogito a introduit dans la Philosophie classique un germe de révolution immanentiste qui a fait perdre le bon sens à la Philosophie. On ne s’intéresse plus à la réalité qui existe pour en saisir le sens et la signification ; maintenant c’est l’intelligence qui met du sens dans les choses. L’accent est mis sur la subjectivité du sujet ; mais non plus sur l’objectivité du réel. La connaissance ne commence plus par les sens et l’expérience, mais par l’intelligence et l’idée claire et distincte. Le principe épistémologique fondamental : « toute connaissance commence par les sens », est renversé. Ce renversement entraîne la perte du bon sens, par le fait de s’éloigner de toute méthode scientifique. La science, en effet, est basée sur la méthode expérimentale. Désormais, avec le Cogito, le primat est accordé à l’intelligence, dans l’acte de connaissance, érigeant ainsi l’homme en absolu. L’homme érigé en absolu, se fait Dieu ; ainsi il n’y a plus de Transcendance. C’est alors que l’on peut dire que la philosophie éloigne de Dieu. Au contraire, la philosophie du bon sens est réaliste et objective, parce que soumise à la méthode expérimentale. L’objectivité du réel signifie que le réel a une consistance ontologique propre ; qu’il existe avant l’homme et indépendamment de l’homme et de la connaissance que nous pouvons en avoir. L’existence du réel ne dépend pas de notre pensée, mais c’est le réel qui mesure notre capacité de connaissance. Le Cogito impose le principe d’immanence. Le principe d’immanence entraîne nécessairement l’idéalisme et le subjectivisme, en opposition au réalisme philosophique.